Entre d'altres aspectes, el treball d'investigació a desenvolupar pot contenir els següents apartats:
1. Optimització cromatogràfica (GC o LC)
2. Gestió i manteniment d'equipament cromatogràfic
3. Revisió mètodes analítics
4. Preparació de patrons
5. Tractament i preparació de mostra
6. Validació de metodologia analítica
7. Anàlisi mostres reals
8. Anàlisi de resultats
9. Coneixement del funcionament del sistema de gestió de laboratori
10. Col · laboració en el manteniment d'un sistema de qualitat
Com aquest treball no es pot generalitzar ja que depèn del laboratori, situació i disponibilitat, a continuació es mostra un llistat d'alguns treballs d'investigació desenvolupats dins del màster en edicions anteriors, i que l'alumne pot prendre com a exemple:
1. Determinació de compostos volàtils mitjançant cromatografia de gasos acoblada a espectrometria de masses
2. Desenvolupament de metodologia analítica basada en l'acoblament cromatografia-MS per a la investigació de substàncies que poden migrar del recipient polimèric a simulants d'aliments
3. Determinació de giberelines actives i isopenteniladenosina en cítrics mitjançant UPLC-MS/MS
4. Anàlisi no dirigit de metabòlits secundaris en plantes d'Arabidopsis thaliana sotmeses a estrès: glucosinolats, indòlics i camalexina
El tema específic del Treball fi de màster se li proporcionarà a l'estudiant en el moment de realitzar-lo, tot i que el requisit és que sigui un tema basat en l'aplicació de tècniques cromatogràfiques.