Tema 1. Introducció al disseny de fàrmacs (CADD)
Tema 2. Sistemes de coordenades moleculars i Superfícies d'Energia Potencial
- Sistemes de representació: espai cartesià i coordenades internes
- Superfície de energia potencial
- Punts singulars i coordenada de reacció
Tema 3. Mètodes Empírics: Camps de forces i Optimització Molecular
- Potencials empírics: termes enllaçants
- Potencials empírics: termes no enllaçants
- Condicions periòdiques
- Truncat de la interacció: tipus de cutoff
- Classificació de mètodes d'optimització
Tema 4. Cerques conformacionals: Dinàmica Molecular i Mètode de Monte Carlo
- Dinàmica Molecular
- Mètode de Monte Carlo
- "Simulated Annealing" (recuit simulat)
Tema 5. Interaccions fàrmac-receptor: Docking i influència del dissolvent
- Algorismes de docking
- Funcions de Scoring (puntuació)
- Limitacions
Tema 6. Càlcul d'Energia Lliure
- Funcions de partició i energia lliure
- Pertorbació de l'Energia Lliure
- Integració Termodinàmica
- Aplicacions al càlcul de l'energia de binding