Bloc I: Fonaments

1. Geometria molecular i energia

- Superfície d'energia potencial

- Exploració i caracterització dels punts estacionaris

- Propietats moleculars

- Espai conformacional de molècules biològiques

2. Camps de força: Mecànica molecular (MM)

- Forma general i parametrització

- Representacions de les interaccions

- Validació i limitacions

3. Tècniques de minimització

- Deterministes, algorismes basats en gradient

- Algorismes estocàstics, avantatges i desavantatges

4. Mètodes de simulació molecular

- L'exploració de l'espai i els paràmetres essencials

- Dinàmica molecular (MD)

- Monte Carlo (MC)

- "Simulated annealing"

5. Models de mecànica quàntica (QM) per a sistemes biològics

- Models discrets

- Models de continu

- Models mixtes

- Models híbrids QM / MM

6. Tècniques de simulació per al càlcul d'energies lliures

- Anàlisi de modes normals

- Càlcul de propietats termodinàmiques i estructurals

- Pertorbació d'energia lliure (FEP)

- Integració termodinàmica (TI)

- El potencial de força mitjana (PMF)

Bloc II: Aplicacions

7. Estudi de la reactivitat química

- Mecanismes moleculars de reacció

- Paràmetres termodinàmics

- Paràmetres cinètics

- Efectes de substitucions isotòpiques

8. Disseny de drogues assistit per ordinador (CADD)

- Tècniques de "docking" i algorismes

- Funcions de puntuació i limitacions

- Relacions quantitatives estructura-activitat (QSAR)

- Tècniques avançades

9. Disseny assistit per ordinador de biocatalitzadors

- Construcció de models per homologia

- Promiscuïtat enzimàtica

- Disseny computacional d'enzims

- Disseny "de novo"