Teoria:
1. Introducció a les ciències òmiques
1.1. Què és la bioinformàtica?
1.2. Eines en línia vs. locals
1.3. Mètodes de seqüenciació
2. Introducció a les bases de dades biològiques
2.1. Introducció a les seqüències genòmiques i de proteïnes
2.2. Genomes de referència
2.3. Notació de gens: números d’accessió, RefSeq…
2.4. Bases de dades centralitzades
2.5. Visualitzadors de genomes: UCSC genome browser
2.6. Bases de dades bibliogràfiques
3. Homologia i alineament de seqüències
3.1. Concepte d’homologia
3.2. Dotplots
3.3. Alineaments de parells de seqüències: algoritmes Needleman-Wunsch i Smith-Waterman
3.4. Matrius de substitució
3.5. Heurístics: BLAST
3.6. Alineaments múltiples
4. Filogènia
4.1. Hipòtesi del rellotge molecular
4.2. Topologia d’arbres
4.3. Anàlisi filogenètic
4.4. Mètodes basats en distàncies: UPGMA i neighbor-joining
5. Seqüenciació massiva d’àcids nucleics
5.1. Seqüenciació de Sanger
5.2. Next Generation Sequencing
5.3. Long read sequencing
5.4. Single-cell sequencing
6. Anàlisi de dades de seqüenciació massiva
6.1. Genomes de referència i anotacions
6.2. Lectures (reads). Fitxers fastq
6.3. Anàlisi de qualitat: fastQC
6.4. Assemblatge de seqüències
6.5. Alineament de seqüències. Fitxers sam i bam
6.6. Anàlisi de variacions de nucleòtid únic (SNV)
7. Transcriptòmica
7.1. Comptatge de reads
7.2. Anàlisi d’expressió diferencial
7.3. Anotació funcional i ontologia: anàlisi GO i GSEA
8. Proteòmica
8.1. Determinació de la seqüència d’una proteïna
8.2. Bases de dades de seqüències de proteïnes: UniProtKB: Swiss-Prot i TrEMBL.
Pràctiques:
1. Introducció a Bash.
2. Descàrrega de dades genòmiques i visualització de seqüències..
3. Recerca de seqüències: BLAST.
4. Introducció a R i Bioconductor.
5. Anàlisi de dades de seqüenciació massiva amb Galaxy.
