Tema 1. Introducció al disseny de fàrmacs (CADD)
Tema 2. Sistemes de coordenades moleculars i superfícies d'energia potencial
- Sistemes de representació: espai cartesià i coordenades internes
- Superfície d'energia potencial
- Punts singulars i coordenada de reacció
Tema 3. Mètodes empírics: camps de forces i optimització molecular
- Potencials empírics: termes enllaçants
- Potencials empírics: termes no enllaçants
- Condicions periòdiques
- Truncat de la interacció: tipus de cut-off
- Classificació de mètodes d'optimització
Tema 4. Cerques conformacionals: dinàmica molecular i mètode de Montecarlo
- Dinàmica Molecular
- Mètode de Montecarlo
- Simulated Annealing (recuit simulat)
Tema 5. Interaccions fàrmac-receptor: docking i influència del dissolvent
- Algorismes d'acoblament (docking)
- Funcions de puntuació (scoring)
- Limitacions
Tema 6. Càlcul d'energia lliure
- Funcions de partició i energia lliure
- Pertorbació de l'energia lliure
- Integració termodinàmica
- Aplicacions al càlcul de l'energia de binding
